Na území lesní správy Vodňany, se nachází mnohé významné lesní lokality.

Za zmínku stojí např. Ptačí oblast údolí Otavy a Vltavy, Evropsky významná lokalita Malý a Velký Kamýk nebo  Přírodní park Písecké hory.

Na lesním hospodářském celku Čížová nalezneme – přírodní rezervace (dále PR) Čertova Hora u Vráže, PR Dědovické stráně, PR Hrby, PR Žlíbky a také přírodní památku Dubná.

Na LHC Vodňany se nacházejí PR Bažantnice u Pracejovic, PR Michov, PR Sedlická obora, PR Kněží Hora, PR Malý a Velký Kamýk, PR Ryšovy a PP Sedlina.

Za zmínku a navštívení určitě stojí i rozhledna na vrcholu Vysokého Kamýku (obr. 1). Poučit se lze na naučných  stezkách u PR Žlíbky nebo K jezírkům lásky na Vrážsku.